Pengenalpastian agen berjangkit bagi penyakit kecil mungkin semudah persembahan klinikal; seperti penyakit gastrousus dan jangkitan kulit. Dalam melakukan anggaran tepat tentang mikrob mana yang boleh menyebabkan penyakit, faktor epidemiologi perlu dipertimbangkan; seperti kemungkinan pesakit terdedah kepada organisma yang disyaki dan kehadiran dan kelaziman strain mikrob dalam komuniti.

Diagnosis penyakit berjangkit hampir selalu dimulakan dengan merujuk sejarah perubatan pesakit dan menjalankan pemeriksaan fizikal. Teknik pengecaman yang lebih terperinci melibatkan kultur mikrob, mikroskopi, ujian biokimia dan genotip. Teknik lain yang kurang biasa (seperti sinar-X, imbasan CAT, imbasan PET atau NMR) digunakan untuk menghasilkan imej keabnormalan dalaman yang terhasil daripada pertumbuhan agen berjangkit.

Kultur mikrob

Kultur mikrobiologi ialah kaedah utama yang digunakan untuk mengasingkan penyakit berjangkit untuk kajian di makmal. Sampel tisu atau cecair diuji untuk kehadiran patogen tertentu, yang ditentukan oleh pertumbuhan dalam medium terpilih atau pembezaan.

3 jenis media utama yang digunakan untuk pengujian ialah: [30]

• Kultur pepejal: Permukaan pepejal dicipta menggunakan campuran nutrien, garam dan agar-agar. Satu mikrob pada plat agar-agar kemudiannya boleh tumbuh menjadi koloni (klon di mana sel-sel adalah sama antara satu sama lain) yang mengandungi beribu-ribu sel. Ini digunakan terutamanya untuk membiak bakteria dan kulat.
• Kultur cecair: Sel ditanam di dalam media cecair. Pertumbuhan mikrob ditentukan oleh masa yang diambil untuk cecair membentuk ampaian koloid. Teknik ini digunakan untuk mendiagnosis parasit dan mengesan mikobakteria.[31]
• Kultur sel: Kultur sel manusia atau haiwan dijangkiti mikrob yang dikaji. Kultur ini kemudiannya diperhatikan untuk menentukan kesan mikrob terhadap sel. Teknik ini digunakan untuk mengenal pasti virus.

Mikroskopi

Teknik kultur selalunya akan menggunakan pemeriksaan mikroskopik untuk membantu dalam pengecaman mikrob. Instrumen seperti mikroskop cahaya kompaun boleh digunakan untuk menilai aspek kritikal organisma. Ini boleh dilakukan serta-merta selepas sampel diambil daripada pesakit dan digunakan bersama dengan teknik pewarnaan biokimia, membolehkan resolusi ciri selular. Mikroskop elektron dan mikroskop pendarfluor juga digunakan untuk memerhati mikrob dengan lebih terperinci untuk penyelidikan.[32] Dua jenis utama mikroskop elektron ialah mikroskopi elektron pengimbasan dan mikroskop elektron penghantaran. Mikroskopi elektron penghantaran menghantar elektron melalui keratan rentas sel nipis yang dikaji, dan kemudiannya mengalihkan elektron ke skrin pendarfluor. Kaedah ini berguna untuk melihat bahagian dalam sel, dan struktur dalam, terutamanya dinding sel dan membran. Mikroskopi elektron pengimbasan mengesan elektron yang dipantulkan dari permukaan sel. Imej 3 dimensi kemudian dibuat yang menunjukkan saiz dan struktur luar sel. Kedua-dua teknik membantu memberikan maklumat yang lebih terperinci tentang struktur mikrob. Ini menjadikannya berguna dalam banyak bidang perubatan seperti diagnosis dan biopsi banyak bahagian badan, kebersihan dan virologi. Ia memberikan maklumat kritikal tentang struktur patogen yang membolehkan doktor merawatnya dengan lebih banyak pengetahuan.[33]

Ujian biokimia

Ujian biokimia yang pantas dan agak mudah boleh digunakan untuk mengenal pasti agen berjangkit. Bagi pengecaman bakteria, penggunaan ciri metabolisme atau enzim adalah biasa disebabkan oleh keupayaan mereka untuk menapai karbohidrat dalam corak ciri genus dan spesies mereka. Asid, alkohol dan gas biasanya dikesan dalam ujian ini apabila bakteria tumbuh dalam medium cecair atau pepejal terpilih seperti yang dinyatakan di atas. Untuk melaksanakan ujian ini secara pukal, mesin automatik digunakan. Mesin ini melakukan pelbagai ujian biokimia secara serentak, menggunakan kad dengan beberapa telaga yang mengandungi bahan kimia nyahhidrat yang berbeza. Mikrob yang dikaji akan bertindak balas dengan setiap bahan kimia dengan cara tertentu, membantu dalam pengecamannya.

Tindak balas berantai polimerase

Ujian tindak balas berantai polimerase (PCR) ialah teknik molekul yang paling biasa digunakan untuk mengesan dan mengkaji mikrob.[34] Berbanding dengan kaedah lain, penjujukan dan analisis adalah muktamad, boleh dipercayai, tepat dan pantas.[35] Hari ini, PCR kuantitatif ialah teknik utama yang digunakan, kerana kaedah ini menyediakan data yang lebih pantas berbanding ujian PCR standard. Sebagai contoh, teknik PCR tradisional memerlukan penggunaan elektroforesis gel untuk menggambarkan molekul DNA yang diperkuatkan selepas tindak balas selesai. PCR kuantitatif tidak memerlukan ini kerana sistem pengesanan menggunakan pendarfluor dan prob untuk mengesan molekul DNA semasa ia sedang dikuatkan.[36] Di samping itu, PCR kuantitatif juga menghapuskan risiko pencemaran yang boleh berlaku semasa prosedur PCR standard (membawa produk PCR ke PCR berikutnya).[34] Satu lagi kelebihan menggunakan PCR untuk mengesan dan mengkaji mikrob ialah urutan DNA mikrob atau strain berjangkit yang baru ditemui boleh dibandingkan dengan yang telah disenaraikan dalam pangkalan data, yang seterusnya membantu meningkatkan pemahaman tentang organisma mana yang menyebabkan penyakit berjangkit dan dengan itu apa kaedah rawatan yang mungkin boleh digunakan.[35] Teknik ini ialah piawai semasa untuk mengesan jangkitan virus seperti AIDS dan hepatitis.